お二方、貴重なご意見ありがとうございます。
PXであっても、同様の悩みは残っているのですねぇ…。

我汝会えにわ病院 内田様 wrote:
> 有効期限切れとなったマスタについては、
> 選択マスタや選択項目マスタから削除すると
> 過去日のオーダも削除されてしまう

この現象は当方では発生しませんでした。
汎用行為詳細マスタさえ残っていれば、
例え選択項目マスタから削除しても、過去の履歴に影響はないようです。

珠洲市総合病院 山根様 wrote:
> マスタを新設、設定して、コメントで「↓◯○/◯○から利用下さい」というものも設定します。
> 廃止日に旧マスタは表示しないようにします。

これが現実的な対応法なのでしょうね。
当院も同様に対処する方向で調整します。