くわみず病院＠熊本　薬剤師兼システム担当　横山と申します。
Mirais/Px　MAPSIBARSを使用しています。

当院も一般名処方を行っていますが頻用薬剤に限っての運用です。（院外処方せんの70%に対応できています。）
名称の長い薬剤は電子カルテ上のマスターはカナ半角と略語への変換、もしくは省略で対応しています。
カリウム→K　エステル→削除　口腔内崩壊錠→ＯＤ錠 【般】をはずす
医局、薬剤部と院内ルールを設ければよろしいと思います。

院外処方せんは医事システムから出力されますので問題ありません。

もし貴院様が診察室の電子カルテから直接出力されているのであればマスター登録できない薬剤は一般名処方をしないという選択肢もあるのではないでしょうか？

ご存知かとは思いますが一般名関係13ページに記載がございます。
http://www.mhlw.go.jp/seisakunitsuite/bunya/kenkou_iryou/iryouhoken/iryouhoken15/dl/zimu2-2.pdf
以上です。今後ともよろしくお願いいたします。