我汝会えにわ病院　内田と申します。

当院では、
医事システムはIBARSⅡを使用し、
DPCシステムはMegaOak DPC（旧DPCNAVI)を使用しています。

差額の計算だけなら、IBARSⅡでも出来たと思いますが（過去には出力したことがあります）、
現在は使用していませんので、現状は分かりません。
答えられなくて申し訳ありません。

IBARSⅡやMegaOak DPCだけでは、分析はそれほどできないので、
差額計算や分析は、メディカル・データ・ビジョンのEVEというツールを利用しています。

ほとんどの場合、目的別にシステムが分かれているように思います。
お役にたてず、申し訳ありません。